是的，許多有關於明朝的記錄古書都被當時清朝的皇帝下令給系統性的銷毀。因為這個銷毀明朝記載的事件還是比較有名的。
在《清世祖實錄》之中記載了清軍入關之後對於明朝檔案選擇修改歷史，並沒有在當時就決定直接銷毀。
「命內院諸臣纂修《明史》，凡故明制度、政事、奏疏，悉令搜訪呈送，以備采擇。」——《清實錄·世祖章皇帝實錄》，中華書局影印本，第3冊，第245頁。
所以大家閱讀清朝的明史的時候，很多時候明朝有許多不能理解的事情，你自己也不能讀懂，其實這個可能是看到了清朝修改的明史的原因。
在當時清廷編纂《明史》的時候，會將不利於清廷統治的記載給隱匿或者篡改甚至直接毀掉。
在到了乾隆時期的時候，他下令編修《四庫全書》，直接就是大規模的銷毀明朝原始書籍了。
對於談遷，大家可不太認識吧，這個人是明末清初的史學家，最能代表明朝滅亡清朝開始的時期的事情經歷，他有一本著作為《國榷》，而為了搜索其中有關於明朝的官方檔案，花費了許多時間和人脈，結果發現許多核心記錄已經散失和無法找尋到了，這些問題談遷也在書中不止一次提及，所以能看出明末清初的時候，明朝的檔案就已經不完整了。
談遷《北遊錄·紀郵上》：「余撰《國榷》，苦無全史，乃搜之故家，訪之遺老，而朝廷之典章，往往缺略。向聞大內多藏累朝實錄，及諸司題奏，今皆不可問矣。」——談遷《北遊錄》，中華書局，1960年版，第47頁。
清乾隆時期對「違礙」書籍與檔案的查禁銷毀（間接影響明朝檔案）
上述第一點略微提及了乾隆時期銷毀書籍的事情，這邊就詳細說一下。
當時乾隆年間的時候，再一次的對清朝境內的書籍進行清查，只要有礙於清朝統治的，比如明朝對於清朝祖先和族類的描述等等，全都要銷毀。
在這其中明朝的奏折、書信、邸報皆受到一定程度的影響。
清代官方文獻《辦理四庫全書檔案》中記載：「查辦違礙書籍，務須徹底清查，有詆毀本朝、妄議前朝者，俱應銷毀，毋使片紙流傳。」
雖然說這條下令不知單單針對明朝的檔案，但是明朝是涉及最深的，畢竟兩個朝代之間離得近，記錄就多。
乾隆這個做法直接導致了明朝檔案本就不多，現在更少。
明朝的檔案確實快被滿清給銷毀完了，尤其是清初和乾隆這兩個階段，收到了嚴重的毀壞。
主要還是因為：
那麼大家有想過我們現在史學家和學者研究明朝的檔案又是從哪來的呢？主要是清末民初的時候，從清朝內閣大庫中流落出來沒有銷毀的文檔被重新發現了，這一部分檔案發現的事件也被稱為「大庫檔案」或「明清檔案」。是我們現在研究明史的重要依據了，但老實說，遠遠不夠，現在明朝期間的檔案存世已經少的不行了。